硝化菌属于化能自营菌，代谢类型是自养需氧型，以无机物（氨、氮）为基础源，光合菌，我们通常概念和常用的也是市面上能买到的是红菌，即异营型红螺菌科，代谢类型是异养厌氧型，基础源为有机物。
此环节需要明确的概念是，硝化菌需要一个高氧环境，这非常容易办到，且终代谢物为硝酸盐（NO3）；而光合菌需要一个极低氧环境而有光照，这需要单独为其设置一个厌氧环境（比如厚底沙），这非常不容易，通常被作为主体使用，分解硝酸盐（NO3）和硫化氢（H2S），只有在环境和污染物质符合需求时，才会发挥作用，在无光或者有氧环境下，光合xijun就基本无效。
硝化菌总体喜欢中性至偏碱的水，因此海水中硝化菌群比淡水中更为活跃，海水硝化菌在PH8.2-8.4时效果好，淡水硝化菌在中性至弱碱性时效果好（7.0-7.8），但不管海水还是淡水硝化，在酸性中效果差，在PH5.6、6.0的酸性缸、枯叶缸中，更多时候靠的是异营菌而非硝化菌；光合菌喜好的PH值是8.2-8.6之间，在酸性环境中效果极其微弱甚至消亡，因为光合菌主要用于海水饲养而非淡水饲养。
其次，关于绿水中PH值的变化，主要由绿藻引起，绿藻属于植物范畴，有光造氧无光耗氧，氧气含量才是引起PH值变化的主要因素，绿藻才是影响源头；而光合菌，是在有光无氧环境中活动，同化二氧化碳的同时并不产生氧气，可以说，因氧含量变化引起的PH值震荡，和它没有关系。
此外，近年市场大肆宣传光合菌之重要性，有其市场目的性，不知道大家有没有买过一种粉红色的硝化菌，一般包装上会写，每周添加一次，其实这就是光合菌，并非什么硝化，因水族箱中难有光合菌生存之必须环境，因此要利用光合菌净水唯有经常性添加，利用其短暂活性分解缸中有机废物，等消亡后又再次添加。
我们知道硝化菌的培养并不复杂，甚至不需要刻意去培养，只要放水下鱼，时间久了自然有了，但光合菌就不一样，它不能在绝大部分人的缸里长期生存，要利用光合菌只有经常添加，商家为达到营销目的则会强调光合菌的重要性。